Хотя наверное, массив айдишников объектов присутствующих на карте очевидно сохраняют последовательность по очереди, как сохранен уровень, так и заспавнит по "списку", значит в таком простом случае референс останется живой после ребута.
Угу лучше все действия проводить с окончанием загрузки этот момент отслеживать самостоятельно. В ЕМС надо дописывать послезагрузочные операции с объектами, квестами насколько помню, не знаю как сейчас. Иметь свой ИД для акторов Перманентный -Уникальный и независящий от Сессии.