ну и все равно непонятно в чем проблема. как связано включить в коде и должна быть в билде?
Допустим в коде мы сделаем что-то вроде:
#if UNITY_STANDALONE_WIN
SceneManager.LoadScene("Windows scene");
#elif UNITY_ANDROID
SceneManager.LoadScene("Android scene");
Но тогда надо чтобы только Windows scene была включена в Build Settings, когда делаешь билд под винду и только Android scene - когда билдишь под Андроид