Ну, на мой взгляд это все рефакторинг френдли. У меня до сих пор кошмары по ночам от переорганизации всех текстур UI в проекте:)
Мультипейдж - и плохо и хорошо. Можно обойтись без него, заставляет лучше думать.
Дублирование ассетов - пофиг, на куке вырезается спокойно.
Ассет не в атласе - в принципе, да, но это один из многочисленных способов налажать в ассетах, автотесты - наше спасение.
Генерацию с альфой - да, тут надо подшаманить и дать настраивать, недоделка как и многое в движке.
В целом мне это нравится больше, чем пакер, особенно если арт репозиторий у тебя на 1,5 тб и там черт ногу сломит