А что было неудобно? Интересно, правда.
Для начала, скажу, что дело было в далеком 2012, так что все могло уже поменяться. Основная проблема была в низкоуровневости крестов: приходилось не просто код писать, а еще помнить про память и т.п., на больших датасетах приходилось в ручную mmap'ить эти самые датасеты, апи у либ не самое удобное(часто портированное с фортрана), очень все плохо с визуализацией(приходилось вытаскивать результаты в какой-то читаемый формат и рисовать картинки в матлабе), ооооооочень сложно дебажить(это вроде фишка научного IT, но кресты тут вообще никак не помогали, а скорее еще накидывали на вентилятор своих проблем см п1) Возможно что-то еще, но уже не вспомню, т.к. повторюсь, давно дело было