Как другие делают интересно.
Просто вы не написали свой стек совершенно. На чем приложение, чем собираете его, что за VCS. Варианты такие:
- вроде у всех систем контроля версий есть концепция, аналогичная svn:externals, позволяющая замапить один репозиторий в другой
- как написали выше: можно иметь разные проекты под разные модули и отдельный со сборщиком
- но вроде не должно быть проблем сделать так, чтобы ваш текущий билд скрипт собирал хелп не из основного репозитория приложения, а из отдельного