Вот, кстати, нет. Только что ради интереса попробовал, под винду быстро и из редактора собрал. Так что проблема видимо только в Linux была.
У меня ощущение такое, что я либо менял конфигурацию билда, DebugGame/Development, либо что-то другое подобное, что заставляло его пересобирать долго. Либо исходники менялись и из-за этого как-то сильно менялось всё. Сейчас после свежесобранного билда Linux Server попробовал перезапустить сборку - он перекомпилировать ничего не стал.