Их по одной картинке чтоль сохранять в UE принято?
В смысле?
Закидываешь все свои иконки в виде отдельных файлов в TexturePacker. Он автоматически собирает тебе из этого атлас
Экспортируешь *.Paper2D файл и зfкидываешь его в UE. Ue тебе создает спрайт на каждый отдельнsй файл, которsй был в TP
Теперь если вдруг тебе нужно поменять отдельную иконку, тебе не нужно заново создавать спрайты, а просто заменяешь файл текстуры нужного спрайта под тем же именем, TP подхватит изменения, а затем выгоняешь новый *.Paper2d с заменой предыдущего (не забывая в анриале сделать реимпорт ассета)