В том то и дело, что они пустые. И чтоб поменять какой то значение, приходится прописывать что-то типа этого
[/Script/GAMEMODULE.AMyPlayerController]
superVar=OK
Анрил не удаляет данные из дефолтных конфигов, в папку saved ничего класть не нужно, для этого есть папка config, в saved лежит уже то что сгенерил сам анрил