Если деформации отличаются это мржет быть:
1. В настройках проекта количество влияний на вершину отличается от этого количества в редакторе
2. Юнити "из коробки" только linear skining умеет делать, если у тебя другой метод используется, например double quaternion, то он его всё равно как linear деформировать будет
3. Если есть коррективный блердшейп, то убедись, что информация о нём есть в анимационном клипе, мб при конвертации в гуманоид о нём забыли