JČ
так в юпитере есть и R, можно между двумя ноутбуками кодом кидаться, одна на питоне ругая на R
+1
Size: a a a
2020 November 17
AP
так в юпитере есть и R, можно между двумя ноутбуками кодом кидаться, одна на питоне ругая на R
Можно) но я просто юзаю statsmodels. Такой код потом неюзабельный совсем, если вдруг захочется себе пайплайн написать, чтобы автоматом обсчитывал всякое
AP
Ну или просто я не знаю, как это все терминалу обьяснить)
A
Это правда! Но я ленюсь нормально хранить свой код, и поскольку у меня в основном всякий датасоенс и хочется видеть output на каждом этапе, то я в основном в ноутбуке работаю
понимаю, приучил себя постить все в Git с внятными комментами. А чтобы выход на каждом этапе - просто через консоль из файла прогоняю
JČ
Это правда! Но я ленюсь нормально хранить свой код, и поскольку у меня в основном всякий датасоенс и хочется видеть output на каждом этапе, то я в основном в ноутбуке работаю
Это в какой-то момент больно прилетает бумерангом. Я вынашиваю планы по крайней мере топовые журналы чтобы не брали статьи по омикам без репозитория всего анализа
T
а есть ли у кого легкий для чтения мануал по git для не-программистов?
A
что-то было
LD
Это в какой-то момент больно прилетает бумерангом. Я вынашиваю планы по крайней мере топовые журналы чтобы не брали статьи по омикам без репозитория всего анализа
А где-то разве сейчас берут без нормального репозитория ??....
AP
Это в какой-то момент больно прилетает бумерангом. Я вынашиваю планы по крайней мере топовые журналы чтобы не брали статьи по омикам без репозитория всего анализа
Мне повезло с научником, который меня строит в этом плане) Так что все, что начисто, лежит в репозитории с комментами)
DP
А где-то разве сейчас берут без нормального репозитория ??....
LD
Видимо у меня слишком розовые очки..)
AP
Мне повезло с научником, который меня строит в этом плане) Так что все, что начисто, лежит в репозитории с комментами)
Просто усилий в 2 раза больше, потому что не пишу сразу хорошо 🙈
JČ
А где-то разве сейчас берут без нормального репозитория ??....
Конечно. Удачи найти раковую статью (не биоинформатическую), где они выдадут код, как они hierarchical clustering делали, особенно слепленный с каким нибудь pathway enrichment. Там миллион параметров и полная наука data massaging
A
а есть ли у кого легкий для чтения мануал по git для не-программистов?
по факту - для базовых нужд Git можно осводить за день-два ненапряжной работы
A
а то и меньше
AP
Видимо у меня слишком розовые очки..)
Да. На курсере специализация от Джона Хопкинса есть, по анализу геномных данных, там целый курс посвящен тому, что они демонстрируют статьи, где нет нормального кода, и с которыми впоследствии через много времени были большие скандалы. Включая ситуации, где это например касалось выбора стратегии лечения онкологических больных
DP
Да. На курсере специализация от Джона Хопкинса есть, по анализу геномных данных, там целый курс посвящен тому, что они демонстрируют статьи, где нет нормального кода, и с которыми впоследствии через много времени были большие скандалы. Включая ситуации, где это например касалось выбора стратегии лечения онкологических больных
Круть
AP
есть подозрение, что в целом особо система никак не развита, и смысла снимать курс нет особо
Но чем R правда хорош, так это биологическими библиотеками и всем таким. Если захочется въехать, то я недавно вот такую крутую вещь нашла, как раз по этим делам - https://compgenomr.github.io/book/. Там и по статистике есть блок. А вообще, нам читали очень клёво статистику, так что не могу не поделиться каналом нашего преподавателя - https://www.youtube.com/channel/UCcUnx4Oa6ZwaZj8Q-UHCEzg. Достаточно в сжатые сроки и ориентируется на любой уровень. На выходе по крайней мере ориентируешься, на какие вопросы отвечать при помощи каких методов и какие ограничения