SK
Просто пока каждый хочет ухватить себе кусок, "узкие" места стараются обойти / замаскироватт
Size: a a a
2020 June 16
MF
Воо, в Синг Селл РНК сек был бум (который до сих пор идёт) новых методов, которые очень редко, и правда, сравнивают :)
это правда, хотя бенчмарки по основным мм задачам (нормализация, imputation,etc), наверное, есть
но эту область просто разрывает, а с учётом кучи новых протоколов для multi dimensional analysis (типа cite seq и тд) очень интересно, как это все будет развиваться
но эту область просто разрывает, а с учётом кучи новых протоколов для multi dimensional analysis (типа cite seq и тд) очень интересно, как это все будет развиваться
PD
Ну второе это интерпретация данных... а вот перове лечится адекватным дизайном и включением мозгов на стадии планирования
Интересно, как можно адекватно поместить в один и тот же батч образцы, например, из одного пациента -- при манифестации и рецидиве.
Или не надо совсем секвенировать и сравнивать образцы, которые не поместишь в один батч?
Или не надо совсем секвенировать и сравнивать образцы, которые не поместишь в один батч?
LD
Интересно, как можно адекватно поместить в один и тот же батч образцы, например, из одного пациента -- при манифестации и рецидиве.
Или не надо совсем секвенировать и сравнивать образцы, которые не поместишь в один батч?
Или не надо совсем секвенировать и сравнивать образцы, которые не поместишь в один батч?
Эта ситуация как раз исключение получается, ибо точно разные запуски будут.. ну можно учесть это при анализе, тип добавление случайного батч эффекта
PD
Эта ситуация как раз исключение получается, ибо точно разные запуски будут.. ну можно учесть это при анализе, тип добавление случайного батч эффекта
Или когда у тебя дохренилион образцов на статью а ля "мы отсеквенировали все известные науке человеческие клеточные линии, вот датабаза"
AB
Честно говоря - любая статья это один большой факап
А у нейч и саенсов как-то другое мнение
SK
А у нейч и саенсов как-то другое мнение
Ну то какие то жураналы с многолетней историей, фи, и я, который все знает
AB
Из моего опыта — обычный рнк-сек дизайнить сложнее чем 10х
AB
У 10Х так прописаны протоколы, что сложно сделать что-то неправильно, если есть голова на плечах, в более самодельных — наверное проще
AB
С интерпретацией результатов уже сложнее, но это зависит не только от дизайна эксперимента, но и от природы вещей.
SK
У 10Х так прописаны протоколы, что сложно сделать что-то неправильно, если есть голова на плечах, в более самодельных — наверное проще
У нас 10x так и не заработал
AB
Вот нам надо было проверить, сколько типов клеток в культуре, тихо надеялись на 4-5, а кажись один. Я не впечатлена, Нейча, думаю, тоже
SK
Но это связано что у нас странные морские гады
AB
У нас 10x так и не заработал
А в чем сложности?
SK
А в чем сложности?
Как мы понимаем, клетки лопаются раньше, чем надо. Вроде связано с осмотическим шоком
AB
Ну вы же уже заменили пбс на растворы с другими осмотическими свойствами?
AB
например стерильную морскую воду)
SK
Ну вы же уже заменили пбс на растворы с другими осмотическими свойствами?
Насколько я помню, тогда химия от 10х перестает работать
AB
прикольно
SK
А вот с кастомными протоколами типа drop seq и mars seq получается норм