По сути, перед тем как ставить экспримент — сформулировать гипотезу и подумать, есть ли какие-то неучтенные факторы, условия при выделении групп.. продумать как будут получаться данные для каждой из групп (а то весь контроль это один запуск секвенатора, а опыт другой... и в такие различия уже сложнее вериться), заранее прикинуть какими методами будешь обсчитывать это (иногда приходится менять подход, но глобальное "направление" то можно выбрать), постараться оценить размер групп (да, не всегда возможно... но все же если есть возможность,то это очень хороший поинт), и потом адекватно делать анализ, а не просто смотреть на p-value или подбирать пост-хоки, что бы были различия...
Прошу прощения, что получилось достатончо сумбурно...