Я измеряю количество прошедших эритроцитов в целом. Скорость устанавливается на инфузионной помпе и не изменяется в процессе эксперимента.
1) может быть ситуация, как описали выше, что это случайно распределение частиц в каналах (16 уже довольно много для работы гауссовского распределения). Это можно проверить, если измерить скорость потока жидкости на выходе из каналов не по количеству частиц (что есть непрямое измерение), а другим способом. Хотя бы скоростью движения частиц в поле зрения камеры (за сколько оно проплывает все поле).
2) может быть что не хватает а) давления помпы на все 16 каналов или б) объема жидкости для равномерного заполнения всех каналов с такой скростью. тут вам предложили залезть в литературу.