3) кажется, можно посмотреть в документацию 10x, там есть multiple rate для разного кол-ва подаваемых клеток (например, 6стр)

И уменьшить этот фактор можно уменьшением количества загружаемых клеток, так?

Надо аккуратно следовать протоколу 10х про плотность клеток перед загрузкой чипа, больше вроде никак

Слишком низкая плотность клеток плохо, как и слишком высокая

хэширование мы не использовали, тут не могу помочь)

Там multiplet rate, а мне интересно, что такое multiplet read factor. Или это одно и то же?

кажется , чем меньше multiple rate, тем меньше дублетов , а multiple read factor это как трешхолд для отсечения попавших дублетов, который, как уже сказали, после анализа данных смотрят

Спасибо

Наконец-то наука

интересно, можно ли это комбинировать с CITE seq, чтобы заодно с таким понижением стоимости посмотреть на protein lvl

Хэширование = мечение клеток из разных образцов антителами с разными баркодами, чтобы можно было объединить клетки из разных образцов, прогнать их всего через одну ячейку чипа 10Х, потратить на них реагентов на приготовление библиотеки как за один образец и снизить стоимость секвенирования.
https://cite-seq.com/cell-hashing/

Небиологам про защиту диссера читать интереснее (и понятнее))))

Да, вон у них и протокол на сайте лежит.
https://citeseq.files.wordpress.com/2019/02/cite-seq_and_hashing_protocol_190213.pdf

​​Опухолевая инвазия — это процесс, движимый взаимодействиями клеток и тканей, при котором физические, клеточные и молекулярные детерминанты претерпевают изменения на протяжении всего периода прогрессирования заболевания. Опухолевую инвазию запускают и поддерживают специализированные сигнальные каскады, которые контролируют динамическое состояние цитоскелета в опухолевых клетках, процессы перестройки клеточно-матриксных и межклеточных соединений с последующей миграцией клеток в соседние ткани. В данном обзоре мы описываем механизмы межклеточной и клеточно-матриксной адгезии, а также протеазные и цитокиновые системы, которые лежат в основе инвазии клеток опухоли в ткани. Мы даем объяснение, каким образом реципрокное (взаимное) перепрограммирование опухолевых клеток и окружающих их тканевых структур не только руководит инвазией и направляет ее, но и порождает различные режимы диссеминации. Обусловленная этим «пластичность» способствует образованию разнообразных путей опухолевой инвазии, повышенной гетерогенности опухоли и в конечном счете ведет к устойчивой метастатической диссеминации.

Читать далее → https://medach.pro/post/2348

интересно, спасибо)

Знающие люди, подскажите каким образом у нас каждый раз выявляют 50% бессимптомных ковидных, если даже с температурой врача хрен дождёшься и тест возьмут только уже когда совсем помираешь?

точно не знаю, но есть такие факторы, как проведение тестирования рядом клиник, куда можно обратиться, как раз когда нет симптомов всем подряд (у кого, конечно, есть доступ к таким благам), и тестирование тех, кто контактировал с больным. но непонятно как это в цифрах все выглядит.

А их выявляют?

Ну вот последние два дня