о, как давно? текст явно отличается от моего.

Два часа назад примерно прислали

Спасибо

То есть, если ссылаешься на обзор в своём обзоре - это получается моветон уже?

Мм, токсичность?

Ну, что касается академических специальностей (биология, физика, химия) - деньги уходят только на банкет и печать/переплетение диссертации. Думаю, тыс в 10-15 можно уложиться с шиком. При желании, а, тем более, если делать все формально правильно, то печать оплатит университет, а банкет можно минимизировать. Так что минимальная стоимость может быть в пределах 5 тыс.

Но в каждой избушке свои погремушки - у врачей и дантистов у нас было - как я описала. Всё бывает по-разному

ну обзор обзору таки рознь. если обзор построен по принципу: в работе а сделали вот так, но вот другие в б сделали вот , и вообще как это все работает так и непонятно. то ссылаться на такое моветон.

а есть такие, где прям чувствуется гиганство мысли и систематизации не просто результатов, но концепций и идей из этой области за, гм ну 5-10 лет. вот на такое нестыдно. как пример последнего, я могу привести вот такую штуку: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2491495/

но этот чувак сам кучу всего в каскаде свертывания раскопал, понаделал тонну кристаллов, ну и вообще варится в этой каше, наверное, лет 30-40.  (да даже обратите просто внимание на скромность названия!)

а когда садятся, в лучшем случае, 1-2 аспиранта (а то и студенты) и пишут "обзор", который потом визирует шеф. это, извините, не обзор, а реферат какой-то.  

а так как большая часть именно по этой схеме сейчас и пишется, для отчетности, то ревью, как таковые, выродились. имхо, я бы не принимал обзоры по одной теме от одной группы чаще, чем раз в 5 лет.  ну и вообще количество обзоров, особенно раковых, поделил так на пару порядков.

Подошла тяжёлая артиллерия, при обстреле эта сторона улицы наиболее опасна!

https://macroevolution.livejournal.com/282946.html

привет, можете посоветовать программы для рисования пайплайнов? я пока нашла sklearn-onnx (ну и визуализацию Snakemake), но в идеале хотелось бы, чтобы можно было подписывать стрелочки между ячейками типа Yes/No

о выглядит прикольно, спасибо!)

yEd позволяет диаграммы рисовать. + раскладки автоматические интересные есть

спасибо!

Ребята, мне нужна консультация по сингл селл РНК-секу с хэшированием, я пытаюсь оценить, сколько будет стоить мой эксперимент и потерялась в цифрах. Тут кто-нибудь есть понимающий или понимающая?

https://satijalab.org/costpercell поможет ссылка?

Частично. Спасибо. Я как раз сейчас втыкаю в этот калькулятор.

Вопросы у меня такие:

1) Сколько максимально клеток можно загрузить в одну ячейку чипа 10Х для приготовления одноклеточной суспензии? Ребята, придумавшие протокол хэширования (https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1603-1), грузили 20к клеток (super-loading). Про больше я пока нигде упоминаний не нашла. Можно ли больше? Вот в этом калькуляторе можно двиганием самого первого ползунка добиться значений Total cells needed for loading больше 20к, это теоретические значения или прям можно?

2) У меня 13 образцов, которые я хочу захэшировать, объединить, засинглсэллить и зарекаверить, скажем, 5к клеток с образца. 13*5=65к. В первом ползунке калькулятора значения количества желаемых клеток заканчиваются на 32к, 65к выставить там нельзя. Это защита от дураков, не надо больше 32к клеток рекаверить? Или я чего-то не поняла в калькуляторе? Или, короче, как мне добиться моих желаемых параметров: а) могу ли я свалить все свои образцы, захэшированные антителами с 13 разными баркодами, в одну кучу и прогнать их всего только через одну ячейку чипа 10Х, или б) нужно разделить их на несколько (сколько?) кучек поменьше?

3) Что такое multiplet read factor и как его изменить на практике?

4) Какая глубина секвенирования нужна для НТО библиотеки?

5) Учитывает ли калькулятор секвенирование НТО библиотеки, я что-то не вижу?

Что такое нто?

Multiplet read factor оценивается после секвенирования, если в одной 'клетке' кратно больше ридов, чем в среднем, то она убирается из анализа, так как в каплю могло попасть больше одной клетки

HTO = hashtag oligos
Библиотека НТО -- библиотека с хэштэгами + баркодами клеток + UMI, чтобы можно было, имея просеквенированными эту библиотеку + обычную сингл селл библиотеку, соотнести, какой клетке какой хэштэг принадлежал

Хэширование = мечение клеток из разных образцов антителами с разными баркодами, чтобы можно было объединить клетки из разных образцов, прогнать их всего через одну ячейку чипа 10Х, потратить на них реагентов на приготовление библиотеки как за один образец и снизить стоимость секвенирования.
https://cite-seq.com/cell-hashing/