Не вижу противоречия, в данном контексте base64 это механизм представления, который используется приложением на своём уровне. По такой логике любая инкапсуляция - уже нарушение модели OSI, даже простейший GRE туннель. И модель TCP/IP это кстати тоже нарушит))
Любая модель, как уже писали выше - это некий эталон, которая с реальностью зачастую расходится. Но это не значит, что эти знания не нужны и что они обесценены. Вспомни универский курс физики, где сокращали слогаемые одночлены в гигантских формулах просто потому, что они ничтожно малы по сравнению с остальной частью и ими можно принебречь. Корректно ли это с точки зрения арифметики 4го класса? - нет. Значит ли это что арифметику не нужно учить? - нет.
Вообще странно слышать о таком противопоставлении модели TCP/IP и OSI, когда первая, это те же первые 4 уровня что и в OSI, а всё что выше объеденино в уровень приложения, что кстати, намного ближе к современным сетям.
