Как по мне, система с "-file name1.wad name2.wad ..." самая норм, ещё со времён Doom2 и NWT. Просто после "-file" пихаешь список вадников в нужной последовательности и дело сделано. Если там нашлись какие-то допы, то в меню появится в опциях, остальное по задумке. А чтобы руками не заполнять инишники достаточно сделать нормальный редактор с человечным GUI, который и будет это делать.