на самом деле, для генерации html перед нами два пути: pandoc и другие распространенные генераторы, или же допилить собственный (исторически сложившийся, используемый под эту узкую задачу).
мне кажется, что смешивать в исходном файле md-разметку и теги выходного формата не совсем корректно и может существует более изящный способ. интересует общепринятая практика