Ну у меня структуры, если их много, разделены и лежат, обычно, рядом с тем, что их по идее должно использовать, если одна-две пофигу в том же файле, если, как, например сейчас, работаю с сетью и сериализацией JSON, получается много структур, так я их в отдельный файл а-ля MyClassData.h все спихиваю, чтобы не мешали