Главная проблема та же, что и у плюсов -- небезопасность и тысяча способов выстрелить в ногу. Утечки и порчи -- наше всё, даже при использовании самых прогрессивных подходов и коммерческих тулзов для отладки подобного.
В той же яве, хотя бы, весь класс подобных проблем исключён. Ещё наличие GC упрощает дизайн интерфейсов -- не нужно их перегружать информацией о том, кто и когда что выделяет и освобождает.