"Моно" и "уни" - от греческого и латинского "один" (число) соответственно. Следует использовать в словах типа одноатомный.
"Изо" и "экви" - от греческого и латинского "равный" соответственно.
Я бы использовал греческие приставки с греческими корнями, латинские - с латинскими (хотя такого правила нет, используют как угодно: например "аппендектомия"). Потому я бы использовал "изофаллически" или "эквипенисуально".