Теоретически, разницы может и нет. Но на практике использование JPA чаще всего приводит к тому, что детали работы с базой протекают в бизнес-логику вплоть до полного взаиморастворения. Конечно, если речь о чем-то типа Entity Service, то без разницы что внутри слоев. Но Entity Service - это анти-паттерн, на мой взгляд.