В слоях. Практически в любом сервисе на бэке у вас будет слой работы с хранением данных, слой БЛ и веб слой. Детали реализации могут отличаться, о чём и пишет Фил, но никакой принципиальной разницы между тем работаете вы с БД через JPA или через JDBCTemplate никакой нет.