Pavel
Т.е все проекты я пихаю в одну рабочую область? это не верно?
В случае с настройками рабочей областью считается проект. Если накидать несколько папок, под них создаётся общее "виртуальное" пространство, которое, ясен пень, настроить не получится.
Так что попробуй или открыть папки отдельно, или скидать их в общую яму и работать с ней, как с отдельным проектом.