Ну сорее всего вы пользуетесь расширением Settings Sync, которое синхронизирует все настройки с Gist. Я им тоже пользуюсь, но еще дополниельно перенес папку настроек VS Code в облако, а в файлах программы сделал символьную ссылку на перенесенную папку. В результате все настройки в облаке.