Для вима это в любом случае изменение и вести себя он будет соответствующе. Он проверяет позицию в дереве изменений с позицией, на которой была произведена последняя запись либо установлено :h 'nomodified'. В теории наверное можно сделать плагин, который дифф проверяет и ставит 'nomod'