А я правильно понимаю, что у конфигуратора нет такого набора ключей запуска, чтобы он запустился, начал сравнение-объединение с CF-ником внешним и остановился когда оно закончится.
Нужно или файл настроек передавать, чтобы он сравнение до объединения довел, или руками CF для сравнения выбирать?