бенчлинг хорош по функционалу, но последнее время начал раздражать своей медлительностью (все худшее от браузерного веба)
хотелось бы совместить его UX/UI, в идеале - снапген с функционалом бенчлинга, и чтоб бесплатный

Ну может вы много ворочаете в бенче? Может авторы намекают, что пора купить подписку, а может просто всякое с интернет-каналом творится непотребное, пока до России долетит, вот и приходится экспортировать в эксель, чтобы быстро что-то найти по базе данных. Хорошо, что я успел урвать у них ключ Апи, пока это не стало уделом энетрпрайза, и могу ещё скачивать данные автоматом. Часть инструментов бенча есть например на сайте NEB, голденгейт и криспр вроде.

*до чехии
много не ворочаю, но почему-то жду пока плазмиды из папочки подгрузятся дольше секунды

хз было ли бы мне удобно работать через апи, все-таки суть в том чтобы предоставить удобный графический интерфейс в первую очередь

Конечно, я про работу с данными и базой (плазмид например).

А как журнал используете?

+++
хотя бы закон бы почитали, умники хреновы

NGS, да - чипсеки, атак, просто покрытие ридов тоже норм, рна сек с визуализацией sashimi plot на экзонах (было в первом Jbrose, надеюсь во второй уже добавили)
Нам из плюсов что теперь не надо делать 10 разных инстансов на 10 разных геномов\животных, все хранится вместе, и можно на лету переключать какой геном хочешь отобразить

не, как журнал с его скоростями использовать больно
пишу в эксель-файлики

Данные на лету подгружаются как в IGV? А то, например, гениуc давно хвастается, что нгс можно в нем смотреть, но чёт, пока не понятно, ведь он все пытается в базу засосасть и сконверитровать в свой формат.

вот эти вот, например
https://gdpr-info.eu/
https://gdpr.eu/what-is-gdpr/ - то же, но человеческим языком
Пару цитат - "if you process the personal data of EU citizens or residents, [] then the GDPR applies to you even if you’re not in the EU."
"the fines for violating the GDPR are very high"
@gmdidro , я пропустил основную часть... кхм... дискуссии, но, думаю, вам полезно будет с этими документами ознакомиться и учитывать их в работе. Извиняюсь, если повтор

и 152-ФЗ тоже, условия, при которых юрлицо становится оператором ПД

ну по 152ФЗ не 20 лямов евро штраф

Ну эт да

Тему уже закрыли дважды)))

он хавает бам\бигвиг\бед  - просто данные кладутся в папку и к ним пишется путь в джсоне, все подругжается при смене геномной позиции вполне ок
Так что проблем с этим вооьще ни у кого в лабе не было, там довольно просто пихнуть свои данные

Ещё может пригодится такая штука: http://www2.decipher.codes/DesignPrimers.html Позволяет найти праймеры, которые отжигаются на одну группу сиквенсов, но при этом не отжигаются на другие

Это если всякие видоспецифичные праймеры подбирать

спасибо

а у вас платная версия? Сейчас присматриваем их вариант по sample acquisition и NGS процессу.