В рейтинге участвует:

групп:

каналов:

Виртуальный сервер на SSD - недорого!

Аренда выделенных и виртуальных серверов (VDS/VPS), хостинг, аренда IP-адресов, администрирование, круглосуточная поддержка

qwarta.ru подробнее

Резервное копирование с проверкой на вирусы!!!

Удобный сервис создания резервных копий на любой сервер сети интернет. Отслеживайте изменения, проверяйте на вирусы. Надежно защитите свой бизнес!

go.backupland.com

Выбираете сервер? Любая конфигурация на заказ!

Аренда физических серверов любых конфигураций под любые запросы - 1С бухгалтерия, игровые сервера, нагруженные проекты, интернет-магазины!

qwarta.ru подробнее

Size: a a a

Science FYI

2610 membersпожаловаться на группу
2021 April 19

L

Lilia in Science FYI
Медиану флуоресценции можно сравнить между разными образцами, если нормализовать на какой-нибудь внутренний контроль. Например, на популяцию, которая негативная по этому маркеру. Либо же использовать paired test. Это, конечно, на случай, когда в обоих экспериментах есть опыт и контроль, это просто repetition.
источник
23:24пожаловаться#1

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
В Диве (моя 7ая) можно посмотреть медиану и среднее, но я хотел бы знать, как можно выгрузить из нее табличные данные так, чтобы потом обработать стат.программой (если только R как-то умеет вкрывать формат FCS?).
источник
23:27пожаловаться#2

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
На ридере нельзя выделить популяцию интереса, если не сепарировать ее заранее... Да и точность заведомо ниже, я думаю.
источник
23:28пожаловаться#3

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
Да. Вот это, вероятно, мой случай. То есть взять разность медиан двух популяций, или их отношение?

У вас нет статьи или методички, где изложен подобный подход?
источник
23:30пожаловаться#4

AM

Aртем Mикелов... in Science FYI
R умеет вскрывать FCS, и даже красиво рисовать плоты. на биокондукторе можно начать искать с flowCore.
Там много чего есть - даже руками гейты можно выставлять, а можно автоматизировано - так чтоб популяции сами определялись
источник
23:30пожаловаться#5

L

Lilia in Science FYI
Отношение. Всё зависит от конкретной задачи. Можете написать мне в ЛС
источник
23:31пожаловаться#6

AM

Aртем Mикелов... in Science FYI
таблицы точно выгружаются из флоуджо, по-моему в режиме layout можно из добавлять
источник
23:33пожаловаться#7

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
Биокондуктор - это какое-то аналитическое ПО со свободным скачиванием? FlowCore - это в меню?
источник
23:34пожаловаться#8

AM

Aртем Mикелов... in Science FYI
пардон, привык что вокруг все на R пишут. Bioconductor - это репозиторий с биоинформатическими пакетами для R.
https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2007/BioC2007/labs/flowcore1/

цитометрические пакеты на R довольно замороченные, там надо почитать и понять логику. Во FlowJo все гораздо интуитивнее
источник
23:37пожаловаться#9

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
Если ФлуДжо сама умеет считать непараметрикой или, протестировав на нормальность, p-значения, то и выгружать, думаю, не надо).
источник
23:39пожаловаться#10

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
Да, спасибо за пояснение!
Я не програю на R, но есть коллеги, правда, тоже решают другие задачи.
источник
23:40пожаловаться#11

ЭГ

Эрика Гросфельд... in Science FYI
Значит я неправильно поняла вопрос :-)
источник
23:44пожаловаться#12

T

Theo in Science FYI
Эм, ну я не знаю, а вдруг ридер записывал в несколько каналов - там, флуоресценцию, рассеяние и оптическую плотность - и все сырые данные сохранены?
источник
23:45пожаловаться#13

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
Ну тогда и я не знаю.

В ридере просто общая интенсивность флуоресценции, значит, должно быть одинаковое количество клеток в образцах.
А в цитометре можно сравнивать популяции из 3000 и 10 000, медиана же, а не общий сигнал.
источник
23:47пожаловаться#14

AM

Aртем Mикелов... in Science FYI
FLOWJO_BASIC_TUTORIAL.29461821.pdf
(3.35 Мб)
источник
23:50пожаловаться#15

AM

Aртем Mикелов... in Science FYI
здесь на 23-й странице про таблицы со статистикой ищите
источник
23:51пожаловаться#16

КЕ

Кирилл Ермин... in Science FYI
Спасибо большое
источник
23:52пожаловаться#17
2021 April 20

VK

Valeriia Kriukova in Science FYI
В цитометрии можно сравнивать 3000 и 10000 не из-за того, что мы смотрим медиану, а из-за того, что интенсивность флуоресценции пишется для каждой отдельной клетки. Именно она и хранится в сырых данных с цитометра
источник
07:35пожаловаться#18

VK

Valeriia Kriukova in Science FYI
А ой прошу прощения, это все к разговору о замере изменения экспрессии через сдвиг mean/median fluorescence intencity, тогда все действительно так!
источник
07:38пожаловаться#19

DR

Dima Romaniuk in Science FYI
Найдите книжку Шапиро (Shapiro Flow Cytometry например ищите), там будет написано как и что сравнивать, потому шо возможно вам стоит геометрическое среднее взять например для сравнения, иначе хвосты распределения клеток в популяции (на гистограмме смотрят) дадут вам обманчивую цифру.
источник
09:16пожаловаться#20