Size: a a a

2021 February 01

OK

Olga Kalinina in Science FYI
Yura
О, спасибо! А в пфаме все есть? Или если белка там нет, то тогда бласт?
Если у тебя не очень экзотический белок, то есть. Что юнипрот говорит?
источник

Y

Yura in Science FYI
Olga Kalinina
Если у тебя не очень экзотический белок, то есть. Что юнипрот говорит?
Проблема что их много, и разная степень экзотичности. Это рибосомальные белки.
источник

OK

Olga Kalinina in Science FYI
Arthur Zalevsky
в первом приближении, кстати, лого вполне отвечает на вопрос.
Лого довольно примитивно считает, просто энтропия, без учета эволюции и матрицы замен
источник

OK

Olga Kalinina in Science FYI
Yura
Проблема что их много, и разная степень экзотичности. Это рибосомальные белки.
Ну рибосомальные должны быть, если они не из каких-нибудь диких контигов из sra
источник

OK

Olga Kalinina in Science FYI
Yura
Действительно, но тогда добавляется шаг перевода лого в численный вид. А так его оставлять, будет слишком много информации.
Скрипт для подсчета просто энтропии я могу тебе дать. Более аккуратную вещь писала моя дипломница, но я не знаю, можно ли пользоваться ее кодом))
источник

Y

Yura in Science FYI
Olga Kalinina
Скрипт для подсчета просто энтропии я могу тебе дать. Более аккуратную вещь писала моя дипломница, но я не знаю, можно ли пользоваться ее кодом))
Спасибо! Я сначала попробую тогда пфам и rate4site. Тот же вопрос, как автоматически удобнее всего вытащить последовательности из пфама для каждого белка?
источник

OK

Olga Kalinina in Science FYI
Yura
Спасибо! Я сначала попробую тогда пфам и rate4site. Тот же вопрос, как автоматически удобнее всего вытащить последовательности из пфама для каждого белка?
Это я точно не знаю, вроде бы у них фтп есть. И надо смотреть, какие там есть апи
источник

Y

Yura in Science FYI
Olga Kalinina
Это я точно не знаю, вроде бы у них фтп есть. И надо смотреть, какие там есть апи
Спасибо! Попробую разобраться.
источник

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
Yura
Спасибо! Я сначала попробую тогда пфам и rate4site. Тот же вопрос, как автоматически удобнее всего вытащить последовательности из пфама для каждого белка?
пфам позволяет скачивать готовые выравнивания для каждого семейства. причем там несколько типов выравниваний.  и даж для разных сабсетов.  вот тут можно прикинуть, что конкретно нужно. https://pfam.xfam.org/family/APH#tabview=tab3 а дальше это же можно запрашивать через апи (насколько я помню), ну или просто дернуть из фтп, как Ольга предложила. https://pfam-docs.readthedocs.io/en/latest/ftp-site.html
источник

Y

Yura in Science FYI
Arthur Zalevsky
пфам позволяет скачивать готовые выравнивания для каждого семейства. причем там несколько типов выравниваний.  и даж для разных сабсетов.  вот тут можно прикинуть, что конкретно нужно. https://pfam.xfam.org/family/APH#tabview=tab3 а дальше это же можно запрашивать через апи (насколько я помню), ну или просто дернуть из фтп, как Ольга предложила. https://pfam-docs.readthedocs.io/en/latest/ftp-site.html
👍
источник

OK

Olga Kalinina in Science FYI
Arthur Zalevsky
пфам позволяет скачивать готовые выравнивания для каждого семейства. причем там несколько типов выравниваний.  и даж для разных сабсетов.  вот тут можно прикинуть, что конкретно нужно. https://pfam.xfam.org/family/APH#tabview=tab3 а дальше это же можно запрашивать через апи (насколько я помню), ну или просто дернуть из фтп, как Ольга предложила. https://pfam-docs.readthedocs.io/en/latest/ftp-site.html
Кстати, для этой задачи я бы за сильно большими выравниваниями не тянулась, seed или full должно хватить
источник

АС

Александр Смирнов... in Science FYI
источник

Y

Yura in Science FYI
Кстати, я тут недавно спрашивал как вытащить побольше метаданных из pdb файлов (код юнипрот, смоделированные остатки, вторичная структура итд). @aozalevsky спасибо за ваши предложения по программам, но выяснилась неприятная особенность большинства пакетов а также кстати многих веб серверов (того же ConSurf), в которых можно ссылаться на PDB ID. Они не работают с большими mmCIF файлами, где больше 50 цепей. Просто не видят их, и все. Совет всем - лучше изучайте маленькие комплексы.
источник

VK

Viktoria Korzhova in Science FYI
👋🏻 Всем привет! 

Не упустите возможность пообщаться с членами сообщества Science FYI с помощью Telegram-бота @ScienceFYIBot


Вот, какие отзывы оставили участники: 

Алена Бойко: “Отлично пообщались, обсудили наш опыт переезда в другие страны, ковид, иностранные языки, хобби и работу

Аноним: “Очень интересно и легко, не заметила, как прошли полтора часа!

Аноним: “Бусинка вообще, первый человек из фотовольтаики за полгода в боте, как же было круто поговорить на одном языке)”


Как работают встречи: 

Зайдите в Telegram-бот @ScienceFYIBot и ответьте на несколько вопросов. 

Бот выдаст собеседника.

В середине недели бот спросит, как у вас дела -- если с партнёром не удастся договориться о встрече/звонке или у вас поменяются планы, можно будет пропустить встречу или получить другую пару.

В конце недели бот спросит, как прошла ваша встреча.

Каждую неделю бот @ScienceFYIBot будет спрашивать, хотите ли участвовать во встречах на эту неделю.


Приятных встреч!
источник

VK

Valeriia Kuzyk in Science FYI
записалась)
источник

АС

Александр Смирнов... in Science FYI
Viktoria Korzhova
Принято! Какие еще пожелания есть?
Как всё успевать. И при этом высыпаться
источник

EM

Eshu Marabo in Science FYI
Александр Смирнов
Как всё успевать. И при этом высыпаться
*здесь должна была быть пропаганда веществ*, простите:)
источник

м

мао in Science FYI
Eshu Marabo
*здесь должна была быть пропаганда веществ*, простите:)
Марафоны бывают разные
источник

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
Yura
Кстати, я тут недавно спрашивал как вытащить побольше метаданных из pdb файлов (код юнипрот, смоделированные остатки, вторичная структура итд). @aozalevsky спасибо за ваши предложения по программам, но выяснилась неприятная особенность большинства пакетов а также кстати многих веб серверов (того же ConSurf), в которых можно ссылаться на PDB ID. Они не работают с большими mmCIF файлами, где больше 50 цепей. Просто не видят их, и все. Совет всем - лучше изучайте маленькие комплексы.
ну вообще сейчас это можно читать при помощи рест-апи пдб. ну и prody mmcif парсит)
источник

Y

Yura in Science FYI
Arthur Zalevsky
ну вообще сейчас это можно читать при помощи рест-апи пдб. ну и prody mmcif парсит)
Спасибо! Кажется, придется осваивать эти апи. Из того софта, что вы предложили, один не парсил, а второй (prody, кажется) без объяснения причин не установился
источник