G
Не все помнят эти выпуски КВН
кто-то родился позже этих выпусков...
Size: a a a
2021 January 31
G
то есть надо реально разбираться в этом, а статья у меня все-таки совсем про другое
та вроде BLOSUM с разной циферкой используешь для разного эволюционного расхождения и дело в шляпе
АС
German
кто-то родился позже этих выпусков...
Но они же ещё и рисуют...
G
то есть надо реально разбираться в этом, а статья у меня все-таки совсем про другое
отрезаешь по identity 90 и используешь blosum90 - имхо должно прокатить
Y
German
отрезаешь по identity 90 и используешь blosum90 - имхо должно прокатить
Спасибо, попробую разобраться. Звучит просто, но возникает сразу куча вопросов. А как удобнее всего заскриптить бласт? Есть в питоне модули? Их же тоже куча. Я вот для структур пробовал BioPython - это мрачновато, документация очень плохая
G
говорят вот че есть - но я не пользовал https://pypi.org/project/pyblast/
Y
German
говорят вот че есть - но я не пользовал https://pypi.org/project/pyblast/
выглядит неплохо! спасибо!
M
German
говорят вот че есть - но я не пользовал https://pypi.org/project/pyblast/
Пипи орг)) окей😂
G
пипи это не стыдно
M
Если только не в штанцы
Y
Привет, я пытаюсь сравнить консервативность разных регионов белка (в частности, N-конца с остальной частью белка). Нашел вот такой сервер https://consurf.tau.ac.il/overview.php. Кто делал что-то подобное, может сказать - это годный метод? Мне надо сделать такое сравнение для довольно большого количества белков (около 100), но там сабмит по одному. Кто-то знает аналогичный тул, который можно самому заскриптить?
мб это подойдёт?
http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DESCRIBEPROT/main.php
http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DESCRIBEPROT/main.php
Y
мб это подойдёт?
http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DESCRIBEPROT/main.php
http://biomine.cs.vcu.edu/servers/DESCRIBEPROT/main.php
спасибо, попробую. Правда, консервативность для моего белка там не так хорошо согласуется с моей гипотезой как то, что меряет ConSurf 😅
2021 February 01
EP
Ну, я бы рекомендовала привиться) корона все же гораздо больше осложнений вызывает, чем вакцина. Через 3-4 года можно ждать эпидемии непонятных миокардитов, фиброзов лёгких и тд. Лучше прививаться доступной вакциной.
В Германии нет "доступной вакцины", потому что ее распределяют, а не зовут желающих колоться в поликлиники.
Самые молодые и здоровые стоят в конце очереди.
Нынешними темпами по 100к прививок в день и приколами вроде задержек с отгрузкой и уничтожением испорченных доз ждать придется долго :)
Самые молодые и здоровые стоят в конце очереди.
Нынешними темпами по 100к прививок в день и приколами вроде задержек с отгрузкой и уничтожением испорченных доз ждать придется долго :)
OK
Привет, я пытаюсь сравнить консервативность разных регионов белка (в частности, N-конца с остальной частью белка). Нашел вот такой сервер https://consurf.tau.ac.il/overview.php. Кто делал что-то подобное, может сказать - это годный метод? Мне надо сделать такое сравнение для довольно большого количества белков (около 100), но там сабмит по одному. Кто-то знает аналогичный тул, который можно самому заскриптить?
Попробуй посмотреть их базовый метод rate4site, кажется он скачивается как command line tool. Они делают расчёт консервативности несколько более изысканно, чем подсчёт долей а/к в выравнивании. Но вообще это удивительная проблема: нигде в интернете нельзя просто загрузить выравнивание и просто получить консервативность, мне пришлось руками писать
OK
ПС. Если у тебя нет любимого набора гомологов, то бери пфам, и никогда не бери топ выдачи бласта, это грех))
AZ
Попробуй посмотреть их базовый метод rate4site, кажется он скачивается как command line tool. Они делают расчёт консервативности несколько более изысканно, чем подсчёт долей а/к в выравнивании. Но вообще это удивительная проблема: нигде в интернете нельзя просто загрузить выравнивание и просто получить консервативность, мне пришлось руками писать
ну можно получить лого... )
OK
ну можно получить лого... )
Ага, а цифры нет! Вот это и удивительно!
AZ
Привет, я пытаюсь сравнить консервативность разных регионов белка (в частности, N-конца с остальной частью белка). Нашел вот такой сервер https://consurf.tau.ac.il/overview.php. Кто делал что-то подобное, может сказать - это годный метод? Мне надо сделать такое сравнение для довольно большого количества белков (около 100), но там сабмит по одному. Кто-то знает аналогичный тул, который можно самому заскриптить?
в первом приближении, кстати, лого вполне отвечает на вопрос.
Y
ПС. Если у тебя нет любимого набора гомологов, то бери пфам, и никогда не бери топ выдачи бласта, это грех))
О, спасибо! А в пфаме все есть? Или если белка там нет, то тогда бласт?
Y
в первом приближении, кстати, лого вполне отвечает на вопрос.
Действительно, но тогда добавляется шаг перевода лого в численный вид. А так его оставлять, будет слишком много информации.