Size: a a a

2021 January 31

G

German in Science FYI
ну да, не только же кишечная палочка. у тебя должна быть имунная система держащая все патогены под контролем и твоя кровь может лечить любую болезнь
источник

Y

Yura in Science FYI
Привет, я пытаюсь сравнить консервативность разных регионов белка (в частности, N-конца с остальной частью белка). Нашел вот такой сервер https://consurf.tau.ac.il/overview.php. Кто делал что-то подобное, может сказать - это годный метод? Мне надо сделать такое сравнение для довольно большого количества белков (около 100), но там сабмит по одному. Кто-то знает аналогичный тул, который можно самому заскриптить?
источник

VK

Viktoria Korzhova in Science FYI
Yura
Выбор между продолжением карьеры за границей в одиночестве и возвращением в Россию в свой социальный круг. Наверное, слишком специфично, но меня очень мучает.
Принято
источник

M

Mr.britva in Science FYI
Yura
Привет, я пытаюсь сравнить консервативность разных регионов белка (в частности, N-конца с остальной частью белка). Нашел вот такой сервер https://consurf.tau.ac.il/overview.php. Кто делал что-то подобное, может сказать - это годный метод? Мне надо сделать такое сравнение для довольно большого количества белков (около 100), но там сабмит по одному. Кто-то знает аналогичный тул, который можно самому заскриптить?
Можно наверное бласт на локальной машине если надо много белков смотреть сразу
источник

G

German in Science FYI
Mr.britva
Можно наверное бласт на локальной машине если надо много белков смотреть сразу
там какая-то дичь типа 3Д структуры учитывается - имхо простым множественным выравниванием не получится
источник

G

German in Science FYI
прога одновременно и жутко старая с кучей вещей которые уже давно улучшены и вроде куча функционала там имплементировано
источник

Y

Yura in Science FYI
Mr.britva
Можно наверное бласт на локальной машине если надо много белков смотреть сразу
да, можно наверное бласт заскриптить с их параметрами фильтрации, но это я не осилю. я в матлабе пишу, а там с бластом не оч
источник

Y

Yura in Science FYI
German
прога одновременно и жутко старая с кучей вещей которые уже давно улучшены и вроде куча функционала там имплементировано
Структура там для поиска не используется, только для картирования после расчета консервативности. Так вот мой вопрос как раз - может есть что-то поновее?
источник

M

Mr.britva in Science FYI
German
там какая-то дичь типа 3Д структуры учитывается - имхо простым множественным выравниванием не получится
Ну не знаю насколько это для оценки консервативности надо на самом деле, но я и не протеомщик ^^
источник

G

German in Science FYI
Mr.britva
Ну не знаю насколько это для оценки консервативности надо на самом деле, но я и не протеомщик ^^
ну там белок можно как список цепочек загрузить - думаю за этим 3D структура и нужна
источник

M

Mr.britva in Science FYI
Yura
да, можно наверное бласт заскриптить с их параметрами фильтрации, но это я не осилю. я в матлабе пишу, а там с бластом не оч
Можно попробовать скриптануть в баше или снейкмейке. Когда-то это в любом случае придётся освоить
источник

Y

Yura in Science FYI
German
ну там белок можно как список цепочек загрузить - думаю за этим 3D структура и нужна
но это не моя опция. у меня грубо говоря одна структура (похожая у всех). да и структура то не важна. я долго читал их описание, все-таки основной расчет там по выравниваниям
источник

Y

Yura in Science FYI
Mr.britva
Можно попробовать скриптануть в баше или снейкмейке. Когда-то это в любом случае придётся освоить
Попробую им написать, они тут недалеко, в Тель-Авиве. Может сжалятся и пришлют код
источник

G

German in Science FYI
Yura
но это не моя опция. у меня грубо говоря одна структура (похожая у всех). да и структура то не важна. я долго читал их описание, все-таки основной расчет там по выравниваниям
если нужно одно большое множественное выравнивание - куча прог с тех пор написана
источник

G

German in Science FYI
чтобы найти все похожие белки без бласта не обойтись
источник

G

German in Science FYI
источник

Y

Yura in Science FYI
German
если нужно одно большое множественное выравнивание - куча прог с тех пор написана
у меня проблема, что это рибосомальные белки, которые есть у всех, поэтому в бласте вываливается просто гора и надо их как-то фильтровать.
источник

G

German in Science FYI
Yura
у меня проблема, что это рибосомальные белки, которые есть у всех, поэтому в бласте вываливается просто гора и надо их как-то фильтровать.
отрежь по identity
источник

Y

Yura in Science FYI
то есть надо реально разбираться в этом, а статья у меня все-таки совсем про другое
источник

АС

Александр Смирнов... in Science FYI
German
привет, дети стали забывать как выглядит румынский диктатор!
Не все помнят эти выпуски КВН
источник