Size: a a a

2020 November 09

PD

Paulina D in Science FYI
mël
точно! у них вроде и телега есть, да?
Да
источник

MS

Mike Sh in Science FYI
Galina Motorina
Ребят, кто-нибудь работает в ран и занимается вакцинами? Ищу спикера.
а поподробнее:
1) куда
2) вакцинами по ковиду или просто
3) wet lab или биоинформатика
?
источник

GM

Galina Motorina in Science FYI
Mike Sh
а поподробнее:
1) куда
2) вакцинами по ковиду или просто
3) wet lab или биоинформатика
?
Ща отвечу в личку
источник

MS

Mike Sh in Science FYI
кк
источник

AG

Anna Gonchar in Science FYI
Viktoria Korzhova
Пишут, что курс института биоинформатики по статистике не ок - не предлагаю обсуждать, просто хочу предупредить потенциальных студентов https://m.vk.com/@dmitry_penzar-stats-and-pulverization
Случайно натолкнулась на это сообщение, и всем, кто ищет возможность изучать статистику онлайн на русском,  могу порекомендовать специализацию на Coursera от моих коллег по кафедре зоологии беспозвоночных: https://ru.coursera.org/specializations/prosto-o-statistike
Coursera
Просто о статистике (с использованием R)
Offered by Санкт-Петербургский государственный университет. Специализация “Просто о статистике” познакомит вас с основами прикладного анализа данных. Здесь не будет сложной математики, зато мы разберем на практике множество примеров.  Вы научитесь описывать данные графически и при помощи описательных статистик; тестировать гипотезы, делая поправки на множественность тестов. При помощи линейных моделей вы сможете анализировать данные разных типов и проверять, выполняются ли допущения, лежащие в основе статистических методов. В частности, мы разберем, как устроены простая и множественная линейная регрессия, дисперсионный анализ, логистическая и Пуассоновская регрессия и т.д. Наконец, вы научитесь строить смешанные линейные модели, позволяющие работать с данными, когда благодаря дизайну сбора материала отдельные наблюдения оказываются взаимозависимы.  Для статистического анализа мы будем использовать язык R -- универсальный язык науки о данных. Даже если вы раньше не писали программ, вы сможете научиться не только…
источник

A

Anastasia in Science FYI
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
источник

LD

Lavrentii Danilov in Science FYI
Anna Gonchar
Случайно натолкнулась на это сообщение, и всем, кто ищет возможность изучать статистику онлайн на русском,  могу порекомендовать специализацию на Coursera от моих коллег по кафедре зоологии беспозвоночных: https://ru.coursera.org/specializations/prosto-o-statistike
Coursera
Просто о статистике (с использованием R)
Offered by Санкт-Петербургский государственный университет. Специализация “Просто о статистике” познакомит вас с основами прикладного анализа данных. Здесь не будет сложной математики, зато мы разберем на практике множество примеров.  Вы научитесь описывать данные графически и при помощи описательных статистик; тестировать гипотезы, делая поправки на множественность тестов. При помощи линейных моделей вы сможете анализировать данные разных типов и проверять, выполняются ли допущения, лежащие в основе статистических методов. В частности, мы разберем, как устроены простая и множественная линейная регрессия, дисперсионный анализ, логистическая и Пуассоновская регрессия и т.д. Наконец, вы научитесь строить смешанные линейные модели, позволяющие работать с данными, когда благодаря дизайну сбора материала отдельные наблюдения оказываются взаимозависимы.  Для статистического анализа мы будем использовать язык R -- универсальный язык науки о данных. Даже если вы раньше не писали программ, вы сможете научиться не только…
@myope_ann, спасибо большое!!! Я не успел вбросить ссылку))))
источник

LD

Lavrentii Danilov in Science FYI
На самом деле присоединяюсь и рекомендую, однако над некоторыми заданиями там надо очень поломать голову и подумать, курс не для "с наскока и с шашкой наголо"
источник

O

Orodret in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
Эти 6 языков понимать полезно, да))
источник

LD

Lavrentii Danilov in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
С Java наверное больше можно куда потом в индустрии приткнуться, но тут я может и не прав буду)
источник

AP

Anastasia Pivnyuk in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
За всех говорить не могу, но у нас вроде Java и ее разновидности в ходу
источник

A

Anastasia in Science FYI
Orodret
Эти 6 языков понимать полезно, да))
Понимаю. Но изучать сразу 3 новых, по крайней мере для меня, будет тяжеловато
источник

D

Dmitry in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
Могу по своему опыту сказать про тулы и либы в геномике. Perl уже устарел, на нём почти не пишут новые программы. Java встречал редко (но натыкался на инструменты), а вот C или C++ используется широко для чего-то высокопроизводительного. Иногда пишут пакеты на Cython. Зная C/C++, можно в какой-то мере понимать код на Java.
источник

O

Orodret in Science FYI
Dmitry
Могу по своему опыту сказать про тулы и либы в геномике. Perl уже устарел, на нём почти не пишут новые программы. Java встречал редко (но натыкался на инструменты), а вот C или C++ используется широко для чего-то высокопроизводительного. Иногда пишут пакеты на Cython. Зная C/C++, можно в какой-то мере понимать код на Java.
Да, тут скорее важно понимать код. Чтобы в написание вкатиться, надо прям очень запариться. Для перла это и не актуально уже
источник

D

Dmitry in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
Можно глянуть биоинф топики репозиториев на гитхабе (bioinformatics, genomics, ...) и посмотреть распределение по языкам, чтобы прикинуть, что актуально :)
источник

Jelena Čuklina in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
Я чаще встречаю кейсы, когда надо знать больше тулов и мета-навыков программистских (графики, моделирование статистическое и ML), чем случаи, когда нужен человек с 3мя языками программирования
источник

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
для обычного биоинформатика питона и шелла (баша) чтобы обмазывать питон - более чем достаточно. это позволит делать огромное количество задач. остальное потребуется если только хочется самостоятельно тюнить методы/писать новое. но и то, как уже выше сказал Дмитрий, cython вполне норм. тем более сейчас и куча gpu библиотек появилось для питона. и это мы даже не поднимали тему машинлернинга
источник

AP

Anastasia Pivnyuk in Science FYI
Jelena Čuklina
Я чаще встречаю кейсы, когда надо знать больше тулов и мета-навыков программистских (графики, моделирование статистическое и ML), чем случаи, когда нужен человек с 3мя языками программирования
Ну иногда нужно писать высокопроизводительный код, например, чтобы быстро пройтись по данным и собрать датасет, а потом уже дата анализ. Высокопроизводительный код, который правильно работает с памятью - это С/cython/golang, как мне казалось
источник

AZ

Arthur Zalevsky in Science FYI
Jelena Čuklina
Я чаще встречаю кейсы, когда надо знать больше тулов и мета-навыков программистских (графики, моделирование статистическое и ML), чем случаи, когда нужен человек с 3мя языками программирования
плюсую. биоинформатик - это состояние души, а не тулы. тулов уже и так, минимум, несколько поколений сменилось за короткую жизнь этой науки
источник

MF

Maria Firuleva in Science FYI
Anastasia
Господа-биоинформатики. Какой язык, после python/R/shell (если его можно назвать языком), чаще всего необходим в работе -  написание собственного кода и разбор готовых тулов и библиотек?
1) C++
2) Java
3) Perl, прости Господи

Вариант "посмотреть вакансии и сделать выводы" не подходит, так как часто требуется знание хотя бы одного из перечисленных языков. "В зависимости от нужд лаборатории" тоже.
я бы java на kotlin в этом списке заменила
источник