Я сейчас про уровень личного опыта, слухов и суеверий. Но реально пару самых активных лет клонирования колей работал с антибиотиками просто на столе. Первый и самый активный еще и с микроволновкой вместо автоклава. (естественно, я это перенял у коллег, которые делали также).
Кроссконтаминация - это, вроде, когда вы сами один образец в другой переносите. Если же вы по столу/воздуху размазали устойчивый штамм и он потом контаминирует, то об этом хорошо бы знать, ибо убежал ГМО антибиотикорезистентный штамм, и надо чистить лабу.
При наличии времени и ресурсов, лучше всего, как Вам говорили автоклав + чистый ламинар (использованный по инструкции), но если с ресурсами/временем проблемы, может и так сойти.