Ну, значит надо везде использовать одну и ту же конфигурацию, или все делать в виртуальном окружении.
Теоретически да, и мою проблему с юпитером это решило бы. практически это не всегда удобно, + некоторые нужные мне вещи можно сделать только с системными либами.
Но вообще конечно непонятно, если нужно везде использовать одну и ту же конфигурацию, тогда зачем использовать анаконду вместо системного питона?