По факту можно просто написать длиннющий ноутбук, закатать туда все скрипты (например через ```{bash}```), пути к файлам с метаданными хранить в plain текст рядышком, загружая его в ноутбук. На удаленном серваке поднять rstudio server и через него смотреть. Содержать все это в чистоте и порядке используя git