Долго искал, но вот нашел. Сравнительно новый софт LinkAhead на базе indiScale создан какраз для нужд лабы фоллоуить "какие файлы от каких скриптов пошли".
Сам не использовал но как-то встретил на конфе. Если б и дальше оставался в лабе, сам
бы попроблвал. Там есть и платная и бесплаьная подписки, как я понимаю, и демка. Но судя по тому что вы выше написали, и по тому, что я знаю про этот софт, он какраз разработан для ваших нужд. Кстати, авторы - физики из лабы биологов.
Сайт проги:
https://demo.indiscale.com/Почитайте, мож понравится. Заодно нам расскажете.