биоинформатики, насколько критично по отношению к данным удалять батч-эффект связанный с разной платформой? читаю, что ругаются на удаление батча, так как не совсем "честные" данные остаются, но блин, если источник данных разный, то его ведь НАДО удалить?
Зависит от дальнейшего анализа же. Если это для eqtl'ей, то "удалять" регрессией или чем-то похожим нельзя (будет меньше степеней свобод и статзначимость поедет), надо включать батч в линейную модель, которая используется для самого eqtl mapping'а, то есть включает и аллель и батч вместе