AZ
German
https://www.dantelabs.com/products/whole-genome-sequencing?variant=30759474593927 - кто-нибудь делал?) (я знаю людей которые делали но выборка маленькая)
вроде Маша Логачева говорила, что это BGI
Size: a a a
2019 November 27
G
вроде Маша Логачева говорила, что это BGI
я BGI щупал - всё устраивает) но цена, цена!
G
кажется у Маши Логачевой я и видел плохой QC от этого самого Dante Labs
G
но остальные семплы были ок
А
интересный паблик
А
как реддит 😬
DP
Ага)
DP
Ну у нас разные источники)
AK
биоинформатики, насколько критично по отношению к данным удалять батч-эффект связанный с разной платформой? читаю, что ругаются на удаление батча, так как не совсем "честные" данные остаются, но блин, если источник данных разный, то его ведь НАДО удалить?
AP
биоинформатики, насколько критично по отношению к данным удалять батч-эффект связанный с разной платформой? читаю, что ругаются на удаление батча, так как не совсем "честные" данные остаются, но блин, если источник данных разный, то его ведь НАДО удалить?
если батч 1) есть, 2) его МОЖНО удалить - то нужно
AP
если он слабенький на уровне что непонятно есть ли, то лучше не трогать
AP
ну и если confounded design то просто не получится удалить
VT
Можете, пожалуйста, подсказать программу по haplotype assembly для виральных геномов? Есть какая-то популярная или все пилят что-то своё?
DN
Можете, пожалуйста, подсказать программу по haplotype assembly для виральных геномов? Есть какая-то популярная или все пилят что-то своё?
Если правильно понимаю ваш вопрос, то HaploJuice, CliqueSNV, SAVAGE, PredictHaplo
VT
Спасибо большое, похоже на то
VT
А есть какой-то предпочтительный тул? А то их так много, что глаза всё время разбегаются
IV
биоинформатики, насколько критично по отношению к данным удалять батч-эффект связанный с разной платформой? читаю, что ругаются на удаление батча, так как не совсем "честные" данные остаются, но блин, если источник данных разный, то его ведь НАДО удалить?
Кажется, уточнение (чипы, RNA-Seq, WES) будет полезно
AK
чипы, да
DN
А есть какой-то предпочтительный тул? А то их так много, что глаза всё время разбегаются
CliqueSNV, наверное.
Я уже не помню, как работают остальные, но этому только риды нужны вроде. Он относительно свежий, обновляется, на вход принимает риды разных платформ, распараллеливаем
Я уже не помню, как работают остальные, но этому только риды нужны вроде. Он относительно свежий, обновляется, на вход принимает риды разных платформ, распараллеливаем