Возвращаясь к началу спора, а чем для аспиранта наличие результатов интеллектуальной деятельности хуже. Вроде для защиты они подходят?

Тут выше уже всё обсудили про наличие публикаций,
От себя добавлю.. Если сравнивать аспирантов со старшими коллегами, то подразумевается, что у старших уже есть какие-то публикации и определенный вес в научном сообществе, а у аспирантов, которые в начале пути, всего этого может еще не быть, поэтому им нужно стремиться публиковаться и в целом заявлять о себе.. как-то так

Да, про публикации я в курсе)) Просто если лаба прикладная/инженерная, чем РИДы хуже?

Тут пусть лучше скажут товарисчи из прикладных лаб:)

Не, я имел ввиду что-то типа нейросетки, которой можно скормить n изображений и она потом будет говорить это или не это на других фотках.

см выше

Вообще в fiji такое есть. Но по моему опыту - я бы не стал в это лезть. Может у меня руки кривые. Но я пару раз пробовал и оно того не стоило.
Мое имхо - не будучи специалистом в нейросетках я бы даже не пытался.

Я поэтому и спрашивал про готовое.
У меня просто будет набор фотографий на фазовом контрасте с "хорошими" и "плохими" клетками, и я хотел научить прогу их различать.

В fiji есть готовый пакет.
https://imagej.net/Trainable_Weka_Segmentation

ну вот так еще: https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/wiki/How-to-use-Pixel-Classification-in-CellProfiler

У Иластика довольно хорошее качество распознавания, мы у него обучаем (https://www.ilastik.org/index.html). Потом для кучи картинок допиливаем автоматику у фиджи, да. при очень высокой концентрации и наложениях ошибки, конечно, есть. Но когда сто картинок и можно поставить овернайт - просто счастье.

Мммм. А можно пример какой-нибудь на каких данных и что посчитало? Можно в личку, если тут не всем интересно.
Я в конечном счете выеживаюсь со скриптами, которые скармливаю банальному analyze particles. Обычно если разница есть, то придумать подход, который раздербанит объекты в разные маски можно

@PopkovVasily @aozalevsky @Litto_ral  Спасибо большое!) Буду разбираться как это всё работает.

картинок у меня при себе нет, они в лабе, со слайдсканнера у меня огромные. Я сама в основном в этом смысле работаю с иммуногистохимией инфильтрации имунных клеток в плотных тканях. Если клеток не много - вообще красота и круто все считает. Если смотреть например CD45 в очаге - они, конечно, настолько тесно, что обучать надо на куче картинок, и некоторые ивенты все равно сливаются. Ну, такая ошибка везде в среднем по больнице, ничего не поделаешь, сичтать в ручную невозможно, все что я пробовала кроме этого - еще хуже. Я сейчас в другой лабе, примеры своих картинок, если надо, могу наверное на следующей неделе прислать в личку.

Просто площади я тоже Векой от Фиджи считаю и все. С хорошим контрастным окрашивание у меня очень воспросизводимо работает (у меня в основном фиброз Массоновский - так что там красный/синий легко распознается). А когда разнородное, сложнее и с отдельными имвентами, то вот в комбинации с иластиком.

Я бы посмотрел, спасибо.
Мне именно важно сами изображения глянуть, чтобы понять что оно умеет. Теоретически-то я хорошо знаю какой тип задач должно решать. Я вот не далее как на прошлой неделе писал скрипты для выделения митохондрий на шумных изображениях культуры. В конечном итоге немного фильтров, масок, трешхолда и банальный analyze particles у меня получились лучше, чем попытки что-то обучить. Но может надо будет попробовать новым. Вдруг он лучше.

А фиброз я считал банально по color threshold))
Просто сделать маску под такой-то цвет)

Хорошо. Но может, что он умеет, лучше даже у них где-то в галереях тогда посмотреть. В смысле, у меня-то картинки не очень разнообразные. Я, увы, в написании своего пока не очень сильна, ыых. У меня на это все уходит много времени, я только пытаюсь учиться. А у иластика смарт анализ по скольки хочешь картинкам встроен и юзер врендли)

Ну нет) Мало ли что на сайтах в галерее. Что у живых людей получилось ручками сделать - это показатель.

Ну fiji в этом смысле дружелюбен. Можно записать свои действия ручками в виде команд. И для много каких задач больше и не надо. Там есть кнопки folder runenr скрипта. Ну или написать 3 строчки цикла по папке.

устойчив, если не греть и и не добавлять окислителей, но чуть хуже полиэтилена. Что именно происходит лучше в chembutt спросить у полимерщиков. Имхо если греть, то может частично хлорироваться и окисляться с разрывом цепочек (если присутствует кислород, хлор), но не точно. Ещё в бытовом могут быть добавки, красители, которые неустойчивы.