можно попробовать посоветовать сделать в момент проблемы tcpdump на хосте на внешнем интерфейсе и на интерфейсе контейнера и посмотреть что уходит, что приходит для проблемного соединения
Я пока MTR только пускал в параллель. И там всё идеально, никаких потерь. Но это с хост системы. А в докере вот странный плавающий баг, причём не только у меня, но и у других, кто пускает этот докерфайл с композом.