Федеральный закон от 27.07.2006 N 152-ФЗ (ред. от 31.12.2017) "О персональных данных"
Статья 5. Принципы обработки персональных данных
(в ред. Федерального закона от 25.07.2011 N 261-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)
3. Не допускается объединение баз данных, содержащих персональные данные, обработка которых осуществляется в целях, несовместимых между собой.
Не допускается объединение баз данных. А что такое объединение? Включение разных СУБД в одну ИСПДн не похоже на объединение БД. Да и "несовместимые между собой цели" - вопрос творческого подхода к задаче. Пусть основная будет цель "качественное оказание населению медицинских услуг", и все БД, что в учреждении, работают на достижение этой цели