Кстати и в используемой мною библиотеке нашел вроде как решение.
JSONAssert.assertEquals(expectedPayload, actualPayload, new CustomComparator(JSONCompareMode.NON_EXTENSIBLE, new Customization("***", (o1, o2) -> true)));
Собственно, игнорируются все значения элементов, а NON_EXTENSIBLE игнорирует еще и их порядок расположения.
Ну а так наверно действительно лучше работу со схемами использовать...