есть конечно извращение, создать pojo object, который мапится на эти джейсоны, сделать все поля обязательными и парсить в эти обьекты. Ежели эксепшн - джсон неправильный. Но это если поля каждый раз одинаковые.
Сгенерировать схему из json string и провалидировать второй жсон этой схемой. Но не уверен, что есть готовые/хорошие либы для генерации схемы из строки. Второй вариант - занулить все values в обоих жсонах и сравнивать их любым компаратором
JSONAssert.assertEquals(expectedPayload, actualPayload, new CustomComparator(JSONCompareMode.NON_EXTENSIBLE, new Customization("element", (o1, o2) -> true)));
Там вроде можно прописать, какие атрибуты обязательные, а какие - нет + если что-то пришло, чего нет в модели, он ругается с ошибкой failed to unmarshal