классический вариант это набор миграций dml/ddl на изменение схемы и данных. последовательно. кто то объединяет всё в одну транзакцию, кто то нет. но как правило если есть мигратор, то он все нужные операции производит сам
За объединение в одну транзакцию надо ругать пушо потом с этим танцевать - не оч приятно.
Говорю как человек который работал в проекте где схема частично описывалась метаданными и поэтому ддл и дмл слои были смешаны. И было оч тяжко