Я тут обнаружил, что у PyCharm нет интеграции с flake8. Точнее это я знал и раньше. Но у PyCharm нет даже планов насчет этого, что меня весьма удивляет. По крайней мере поиск тикетов не дал результатов.
В общем, я решил создать им тикет и прошу вас поддержать голосами и комментами, чтобы протолкнуть запрос повыше.
тикет:
https://youtrack.jetbrains.com/issue/PY-41427(кстати ссылка на работающее решение ручной настройки тоже есть в тикете)