Ну, в общем, если бы делал файлами, делал бы в стиле {id1}-{id2}-{id3}.txt
Это не идеально, но решило бы задачу поиска потомков, родителей и соседей. Более сложные запросы уже затруднительны, да и имена файлов ограничены по длине, если мне не изменяет память.
Но на небольшой вложенности и с простыми запросами работать в общем и целом должно.