В отдельной папке. И желательно с прямым доступом для пользователей (если это веб) и поисковых систем.
Можно еще в рамках резюме-дривен-девелопмента вместо своего интерфейса к файлам настроить apache solr, elasticsearch и им подобные.
И желательно с прямым доступом для пользователей - Не, доступ к файлам не нужно юзеру. Каждый файл будет подвязан к определенной статье. Еластик, да, задумывался тоже о нем