Это усложнит потом включение правил, так как придется проделывать ту же самую работу
Да, возможно твой вариант лучше. Можно еще разбить приложение на части с отдельными конфигами для каждой и по частям исправлять. В большом приложении, скорее всего, есть наиболее важные модули, для которых эти исправления жизненно необходимы. Можно сначала их исправить.