Все таки, считать (и планировать) ТСО больших систем где много open source умеют немногие; но я не вижу это как проблему, скорее это особенность которая становится возможностью для многих специалистов)
Я хотел сказать, что одна из граней(не единственная) этой проблемы в том, что саму проблему не понимают ни менеджмент, ни, иногда/часто, разработчики(лиды, архитекторы и так далее). В итоге когда это проблема у них наступает, они даже не понимают, что происходит, и могут списать все на: "некомпетентность" разработчиков, "плохой" инструмент/стек технологий и так далее. По крайней мере я такие ситуации видел несколько раз. Подозреваю, что на деле они бывают чаще. И вот как на старте объяснить все это всем, чтобы не было недопонимания я до конца не понял, но если с этим ещё можно как - то поступить, а вот с тем, чтобы TCO правильно посчитать на чисто опенсорсе - это совсем сложно, конечно.